Το λιμάνι του Ηρακλείου συνδέεται καθημερινά με τον Πειραιά με δυο ακτοπλοϊκά δρομολόγια που εκτελούνται σύγχρονα, πολυτελή και γρήγορα Επιβατηγά–Οχηματαγωγά πλοία (Ε/Γ-Ο/Γ). Παράλληλα συνδέεται με τα Δωδεκάνησα ενώ τους θερινούς μήνες υπάρχουν καθημερινά δρομολόγια προς πολλά νησιά των Κυκλάδων, με ταχύπλοα Επιβατικά ή/και Οχηματαγωγά (Ε/Γ-Τ/Χ, Ο/Γ-Τ/Χ) σκάφη.
Όλα τα πλοία αναχωρούν από το δυτικό τμήμα του λιμένος και τις Προβλήτες I & II. Οι επιβάτες ακτοπλοΐας μπορούν να κανουν check in τα εισιτήρια τους από τα εκδοτήρια όλων των ακτοπλοϊκών εταιρειών, που λειτουργούν εντός του Επιβατικού Σταθμού, του λιμένος ή δίπλα στους χώρους αναχώρησης (μόνο για τα Τ/Χ).
Το λιμάνι του Ηρακλείου χωρίζεται στο παλιό, ενετικό λιμάνι και στο νέο λιμάνι για επιβάτες και εμπορεύματα. Το ενετικό λιμάνι του Ηρακλείου, είναι το παλιό λιμάνι του Ηρακλείου, που σήμερα φιλοξενεί καΐκια και κότερα, και η ιστορία του είναι τόσο παλιά όσο και της πόλης του Ηρακλείου. Το νέο, σύγχρονο λιμάνι επιβατών και εμπορευμάτων ξεκινά ανατολικά από το παλιό. Είναι ένα από τα σημαντικότερα λιμάνια της Ελλάδας και της Μεσογείου καθώς αποτελεί κύριο προορισμό κρουαζιέρας και σημαντικό σταθμό μεταφοράς αγαθών από την Κρήτη προς την ενδοχώρα και προς το εξωτερικό.